Tính đến tháng 9 năm 2009, trưởng khu học chánh độc lập Houston là Terry Grier.

Tính đến năm 2010, thành viên thuộc Hội đồng Giáo dục Khu học chánh Houston là:

• Chủ tịch: Greg Meyers
• Đệ Nhất Phó Chủ tịch: Paula M. Harris
• Đệ Nhị Phó Chủ tịch: Diana Dávila
• Bí thư: Carol Mims Galloway
• Trợ lý bí thư: Anna Eastman

Các thành viên khác gồm có: Michael L. Lunceford, Lawrence Marshall, Harvin C. Moore, và Manuel Rodríguez Jr.

Trưởng học khu

Cựu trưởng Khu học chánh Houston, Rod Paige đã sử dụng chương trình PEER. Các điểm số cải thiện của các trường trong khu học chánh đã khiến khu học chánh nhận được những lời khen gợi của các khu học chánh khác khắp quốc gia. Kaye Stripling đảm nhận trách nhiệm trưởng học khu khi Rod Paige về Washington, DC nhận chức vụ Bộ trưởng Giáo dục Hoa Kỳ trong nội các chính phủ của Tổng thống George W. Bush. Sau khi Stripling xuống chức trong vai trò trưởng học khu tạm thời, Abelardo Saavedra trở thành trưởng học khu vào ngày 9 tháng 12 năm 2004.

Phân chia hành chánh

Tính đến năm 2010, các trường thuộc Khu học chánh Houston được tổ chức qua các văn phòng đặc trách trung học cấp 3, trung học cấp 2 và tiểu học.[26]

Trước kia, các trường thuộc Khu học chánh Houston được tổ chức thành các khu vực vùng. Mỗi khu vực vùng có một trưởng khu riêng.[27]

Có năm khu vực vùng trong Khu học chánh Houston:

• Khu vực vùng trung tâm
• Khu vực vùng phía đông
• Khu vực vùng phía bắc
• Khu vực vùng phía nam
• Khu vực vùng phía tây

Trước khi được tái tổ chức năm 2005,[28] Khu học chánh Houston có các khu vực sau đây:[29]Geographic districts:

• Khu trung tâm
• Khu đông
• Khu bắc
• Khu trung bắc
• Khu đông bắc
• Khu tây bắc
• Khu nam
• Khu trung nam
• Khu đông nam
• Khu tây nam
• Khu tây

Các khu khác:

• Khu phụ
• Các trường Acres Homes Coalition

Một khu khác là khu trung tây sau đó được thành lập trước lúc khu học chánh Houston được tái tổ chức.[30][31]

Thuế

Tính đến năm 2010, trong số các khu học chánh nằm trong Quận Harris thì Khu học chánh Houston có tỉ lệ thuế thấp nhất.[32]